Ở phần này Satoshi,Iris và Dento lại tiếp tục chuyến đi của họ tới vùng Isshu để tham gia giải đấu.Trong chuyến phiêu họ của họ đã đụng độ Nhóm Rocket vẫn như cũ Giovanni sẽ lại tiếp tục kế hoạch đánh cắp các Pokemon huyền thoại Meloetta. Hikari và Shirona cùng những vị khách mới sẽ xuất hiện.
Tiến sĩ Địa ngục và thú cơ khí của ông đã trở lại, và chúng nguy hiểm hơn bao giờ hết. Kouji Kabuto và Tetsuya Tsurugi chiến đấu chống lại những máy móc quỷ dữ này dưới sự chỉ huy của Baron Ashura. Thật không may, họ bị đánh bại, Mazinger Z của Kouji bị bắt và Great Mazinger của Tetsuya bị thương nặng bởi kẻ thù
Một năm sau cuộc chiến với Innovator, Ban và những người bạn mới và cũ tiếp tục chiến đấu để ngăn cản kế hoạch thôn tính trái đất của Detector
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Một tên NEET 34 tuổi đã bị đuổi khỏi nhà sau cái chết của gia đình hắn. Hắn ngăn chặn một nhóm người thiếu niên ra khỏi một chiếc xe tải đang chạy và đã đẩy một người trong nhóm người đó ra thành công trước khi hắn chết.