Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
Gon – từ nhỏ đến lớn chưa bao giờ được gặp mặt cha – tham gia vào cuộc thi lấy chứng chỉ Hunter, một cuộc thi rất khắc nghiệt nhằm chọn ra những thành viên ưu tú cho đội ngũ “Hunters”. Cha của Gon là một Hunter huyền thoại và cậu ấy muốn tìm ra cha mình nên đã chọn con đường theo nghiệp Hunter. Gon gặp Killua trong vòng kiểm tra đầu tiên. Killua đến từ một dòng họ nổi tiếng trong việc hành nghề ám sát: ZhaoldYeck. Killua đã được huấn luyện từ nhỏ để trở thành sát thủ, và cậu ấy có tài năng
Yuzuka Hanami có một cuộc sống bình thường như bao nhiêu người khác,vẫn sống và học tập ở một trường trung học.Số phận cô bỗng chốc thay đổi kể từ khi cô được tiếp cận với một sinh vật bí ẩn từ đâu xuất hiện trước mặt cô,chính sinh vật này đã tiết lộ cho cô biết thân phận thật sự của mình.
Phép thuật, đó không còn là truyền thuyết hay một câu chuyện cổ tích nữa. Nó đã trở thành một công nghệ thực tiễn từ gần một thế kỷ nay. Pháp sư, đó là cách mà người ta gọi những con người mang trong mình một tài năng phép thuật ưu việt. Đối với các quốc gia, sự tồn tại của con người này chính là những vũ khí mạnh mẽ.