Bối cảnh phim diễn ra tại Tokyo năm 1969. Trái đất đang bị tấn công bởi những kẻ xâm lược (Invader).. Tuy nhiên công chúng lại không hề biết điều này. Để chống lại những cuộc tấn công của Invader, một tổ chức bí mật là A.E.G.I.S đã được thành lập.
Slam Dunk là câu chuyện xoay quanh nhân vật Hanamichi Sakuragi, vốn là học sinh cá biệt, cầm đầu một băng nhóm chuyên gây lộn. Hanamichi từng tỏ tình và bị từ chối 50 lần khi còn học cấp 2. Lên trung học, Cậu ta gặp Haruko Akagi, cô gái trong mơ, và rất hạnh phúc khi cô không hề sợ cậu như những cô gái khác.
Sau cái chết tức tưởi trong một vụ tai nạn máy bay, một chàng trai trẻ đột nhiên thấy mình đang ở trên một trạm vũ trụ quay quanh một hành tinh lạ.
12000 năm trước, cuộc chiến tàn khốc giữa Aquarion và Thiên Thần Bóng Tối đã đi vào truyền thuyết... 12000 năm trôi qua, nhân loại lại phải đối mặt với những Abductor(Kẻ bắt cóc), những kẻ đến từ Chiều Không Gian Khác cũng giống như Thiên Thần Bóng Tối với mục đích là bắt cóc con người
Ba năm trước đây, một cửa ngõ giữa Trái Đất và Beyond mở hơn thành phố New York. Trong một đêm khủng khiếp, New York đã bị phá hủy và xây dựng lại, bẫy New York và các sinh vật extradimentional như nhau trong một bong bóng bất khả xâm phạm.