Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
SAkura đến thủ đô với khát vọng bảo vệ thủ đô khỏi thế lực ma quỷ của Hội đồng chánh điện hắc ám giống như cha cô. Tuy nhiên mọi thứ không như là mơ, cô phải sử dụng sức mạnh tinh thần của mình để điều khiển Kubo và phải diễn kịch trong nhà hát quốc gia. Là một người hậu đậu và phá hoại, làm cô ấy trong mắt mọi người trở nên tồi tệ. Cô ấy phải học cách làm việc nhóm chung với họ để ngăn cản kẻ thù phá hủy những ngôi đền để bảo vệ thành phố.
Trong thời kỳ loạn lạc cuối thời Mạc phủ Tokugawa, xuất hiện một sát thủ khiến thiên hạ đều phải khiếp sợ với danh xưng “Hitokiri Battousai”. Thời đại chuyển biến sang một trang sử mới, sát thủ lừng lẫy một thời cũng dần dần biến mất khỏi nhân gian và hắn cũng được thiên hạ mệnh danh là “Kẻ mạnh nhất” trong lịch sử.
Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
RWBY là sự kết hợp từ 4 màu chủ đạo của 4 nữ chính: Red - White - Black - Yellow. Bộ phim xoay quanh cuộc chiến của nhân vật nữ chính đầu tiên tên là Ruby. Ngoài ra, còn có 3 người bạn khác của cô đều là những sát thủ xinh đẹp. Họ cùng nhau đoàn kết chống lại cái ác bảo vệ hòa bình.