Câu chuyện diễn ra trong tương lai, khi thế giới đang bị những sinh vật làm ô nhiễm “pollutant” đẩy loài người vào một thành phố di động mang tên Regios. Lei-Fon Alseif, một học sinh năm 1 phổ thông, đã miễn cưỡng tham gia vào đơn vị nghiên cứu võ thuật 17 do một sinh viên năm cuối Nina Antouku dẫn đầu chống lại những “Pollutant Beasts”
Tại học viện linh linh Alessia, nơi đào tạo các tinh linh sứ, người có thể khế ước với tinh linh.Nhân vật chính chúng ta Kamito trong lúc đang ngơ ngơ để tìm đường vào Học viện, cậu ta đã “vô ý” thấy cảnh con nhà người ta tắm, thế này anh chàng bị dí đánh cho u đầu mẻ trán sau đó bla bla cô nàng bắt cậu ta phải thực hiện khế ước tinh linh và trở thành nô lệ cho cô ta.Chi tiết thì mời xem khắc rõ
Daisuke Niwa là một cậu bé 14 tuổi với một khả năng di truyền đặc biệt: mỗi khi cậu nhìn thấy hay nghĩ tới một cô bé mà cậu thích, Risa Harada, cậu biến thành siêu trộm khét tiếng Dark. Satoshi Hiwatari là một học sinh chung trường với Daisuke và cặp song sinh nhà Harada, và cũng là người chỉ đạo đội cảnh sát điều tra về Dark.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
được dựa trên các vấn đề liên quan đến vị bác sĩ Maverick rực rỡ tạo ra bởi nhà tiên phong manga Osamu Tezuka. Prequel này sau Black Jack khi anh vẫn còn là một sinh viên y khoa trong năm 1960.