Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.
Xoay quanh cuộc phiêu lưu và chiến đấu của Ushio Aotsuki, người khám pha ra những bí mật của dònh họ rồi sau đó dính đến những rắc rối, những việc ma quái và một con vật có thể tàng hình có hình dạng giống hổ.
Nakajima Youko is your average somewhat timid high school student. One day, a strange man named Keiki appears before her, swearing allegiance. Before she could properly register what was happening, demon-like creatures attack Youko and her friends, after which they are pulled into a different world. A world unlike what she has ever known. Separated from Keiki, Youko and her friends must do whatever they can if they wish to survive in this new world.
Theo như phiên bản hiện tại của câu chuyện (từ thời Edo), Momotarō xuất hiện từ bên trong một quả đào khổng lồ, quả đào đang trôi dạt trên dòng sông thì tình cờ được một bà lão đang giặt đồ gần đó vớt lên. Gia đình ông bà lão này đã lớn tuổi mà vẫn chưa có con, bà lão đem quả đào về nhà định bụng sẽ ăn cùng ông lão nhưng hai vợ chồng ông bà rất ngạc nhiên khi bổ quả đào ra thì thấy một cậu bé nắm trong đó.