Câu chuyện xảy ra trong tương lai xa. Đất đai bị hủy hoại, và nhân loại thành lập thành phố pháo đài di động tên Plantation. Các phi công sản xuất trong Plantation sống ở Mistilteinn, cũng được biết đến như "chimcage". Trẻ em sống ở đó không biết gì về thế giới bên ngoài và sự tự do của bầu trời
Năm là 2222. Đã từ rất lâu kể từ sự kiện Tân Nguyệt Thạch Lệ, một cơn mưa bí ẩn, trút xuống và xóa sạch gần như toàn bộ loài người. Cơn mưa độc hại này tạo ra những sinh vật biến dạng ăn thịt người, và nhân loại phải chạy trốn khỏi nguy hiểm
Từ rất lâu trước đây có một bộ tôc mạnh nhất Tribe of Gold đã kêu gọi các bộ tốc khác cùng bay vào vũ trụ. Nghe theo lời kêu gọi của họ gồm ba bộ tộc là Tribe of silver Tribe of bronze và Tribe of Hero Sau đó một bộ tộc cuối cùng là con người cũng bay vào vũ trụ và được gọi là Tribe of Iron
Murakami Ryouta luôn day dứt về cái chết của cô bạn thời thơ ấu của mình, người mà anh chỉ còn nhớ với biệt danh Kuroneko. Một ngày, một cô gái trông giống hệt người bạn thời thơ ấu chuyển vào lớp của anh với cái tên Kuroha Neko. 2 người họ liệu có phải là 1? Câu chuyện tình đẫm máu và nước mắt bắt đầu.
Film được chuyển thể từ side-story manga cùng tên của Motoi Fuyukawa, là 1 spin-off từ light novel gốc To Aru Majutsu no Index của Kazuma Kamachi.