Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Tiếp tục hành trình thu thập huy hiệu thứ ba để tham gia liên minh Kalos. Season này sẽ tiếp tục vén bức màn bí mật và tập trung về Mega.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Câu chuyện kể về một cô gái tình cờ gặp một chàng trai với một mớ nhạc cụ khác thường. Cuộc gặp gỡ tình cờ này chính là giữa một nữ ca sĩ đầy hi vọng và một người chơi shamisen – loại nhạc cụ 3 dây truyền thống của Nhật Bản. Hai số phận đã được gắn kết lại với nhau bằng âm nhạc.
bối cảnh trong cùng một thế giới giả tưởng với bộ light novel Zero Kara Hajimeru Mahō no Sho của Kobashiri (Grimoire of Zero), hiện đang yên bình sau cuộc xung đột giữa nhà thờ và phù thủy trong 500 năm. Tuy nhiên, than hồng chiến tranh vẫn cháy ở một số khu vực trên thế giới. Câu chuyện xoay quanh Cervil