Fate Stay Night nói về câu chuyện "Cuộc Chiến Dành Chén Thánh" của các "Servant" và chỉ có các "Servant" mới có thể chạm vào Chén Thánh, Các "Servant" là những vị anh hùng trong truyền thuyết và được triệu hồi từ 7 "Master", họ tranh dành vì Chén Thánh, vì Chén Thánh sẽ biến điều ước của họ thành sự thật.
Câu chuyện diễn ra tại một thế giới có những loài vật tên "Spiral" được sinh ra từ sự cô độc. Những người có khả năng đánh bại chúng được gọi là các "Period". Haru là một Period học việc trong Sư Đoàn 8 Arc End. Tuy nhiên, sau một vụ cướp bí ẩn, nền kinh tế bỗng sụp đổ, và trụ sở Arc End giải tán Sư Đoàn 8, để lại mỗi 3 Period, trong đó có Haru.
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.
Câu chuyện về Izayoi Sakamaki, một cậu trai đã chán chường cả thế giới. Một ngày nọ, có một lá thư gửi đến. Khi vừa mở ra, thì cậu đã bị dịch chuyển sang một thế giới khác. Ở đây, cậu nhận ra cũng có 2 người khác bị dịch chuyển như cậu - một bé lầm lì tên là You Kasukabe với một bé mèo, và một cô bé xinh đẹp nhưng kiêu căng tên là Asuka Kudou. Họ bị cô bé Kuro Usagi (Thỏ đen) triệu hồi cả 3 đến để đánh bại ma vương.
được đặt trong một thế giới nơi các cánh cổng đột nhiên xuất hiện trên bầu trời, mở ra vô số ngục tối. Câu chuyện tưởng tượng nếu người chơi là một chủ tịch công ty sử dụng các nhà thám hiểm để đảm nhận các hầm ngục chứa đầy quái vật cho những kho báu nằm bên trong.