Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
I Hate Getting Hurt, So I Put All My Skill Points Into Defense. Câu chuyện tập trung vào nhân vật có tên là Kaede Honjou, cô đã được một người bạn có tên là Risa Shiramine rủ chơi game thực tế ảo MMO cùng. Mặc dù Kaede chả thích game lắm nhưng đằng sau đó là việc cô thực sự, thực sự không thích chịu đau đớn.
Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
kể về tương lai gần lúc con người sử dụng “hệ thống thực tế hỗn hợp” được phát triển từ công nghệ thực tế cải tiến. Câu chuyện tập trung vào một nhóm nữ sinh trung học của trường Saint Union Academy theo đuổi môn thể thao của Circlet Bout.
Trong một thị trấn bình thường, có những người sống một cuộc sống yên bình và viên mãn. Nhưng họ không biết rằng đó là một nền hòa bình giả tạo. Sự thật chưa kể ... Trái đất đã bị hủy diệt