Vào năm UC 79, con người sống trên các colony không gian gọi là side. Side 3, công quốc Zeon, đã phát động chiến tranh với Liên Bang Trái Đất. Sau những trận đánh ko cân sức , 8 tháng dài vào thế kẹt.
Truyền thuyết kể rằng, trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với một loại virus cực kỳ nguy hiểm. Thế giới lầm than, quốc gia loạn lạc, giữa lúc nước sôi lửa bỏng, một đấng cứu thế thằng ngốc với cái tên "Rentarou" cùng cộng sự của mình - cô bé Enju loli - sẽ xuất hiện với những khả năng bí ẩn hứa hẹn sẽ giúp loài người chống chọi lại thứ virus nguy hiểm ấy
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Câu chuyện xoay quanh Nyaruko, một quái vật Cthulhu có thể sử dụng hình dáng một cô gái tóc bạc có vẻ ngoài bình thường. Mahiro Yasaka là một học sinh trung học bình thường bị quái vật ngoài hành tinh truy đuổi, cho đến một ngày Nyaruko cứu cậu ta.
Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.