Clasu Valca từ thế giới của Prester, nơi mà cậu và người bạn thân lâu năm Lavie Head sống và làm việc như phát thư viên trên bầu trời. Họ cùng nhau mơ về 1 ngày sẽ thực hiện 1 sứ mệnh mà cha của họ đã không thể hoàn thành được - đó là bay xuyên qua 1 nơi nguy hiểm trải dài nổi tiếng được biết đến với cái tên Grand Stream.
Một ngày nọ, một chiếc hộp đen bỗng dưng đâm sầm vào nhà của cậu học sinh bỏ học Naoto Miura.Bên trong đó là một nữ automata.Chu kì vô tận của thất bại và thành công. Một thế giới đổi thay cùng loài người không hề thay đổi. Vào thời điểm khi mà thực tại và ảo tường cùng gào thét, cuộc gặp gỡ của họ khiến cho chiếc bánh răng của số mệnh bắt đầu xoay chuyển!
Đột ngột rơi vào cảnh mồ côi, cậu bé chiến đấu với kẻ sát hại cha mẹ mình nhằm cứu lấy một hành tinh và khám phá thế giới mới đầy hiểm nguy nhưng cũng hết sức diệu kỳ.
Lấy bối cảnh của một xã hội đang chìm trong hỗn loạn khi mà Nhân loại buộc phải chung sống với mọi loài quái vật, yêu ma, quỷ quái trên khắp thế gian. Những tên quái vật hắc ám ấy được loài người gọi chung bằng một cái tên là "Ám Trú Nhân / Cư dân bóng đêm" hoặc đơn giản hơn là Darkstalker. Dưới sự bành trướng của các Darkstalker, Nhân loại đã phải sống trong cảnh cơ cực khi mất đi ánh mặt trời.
Câu chuyện xãy ra vào năm 2055. Chiến trường lần này là thế giới mô phỏng Trái đất được gọi là Second World. Những trận đấu trong phần này được gọi với cái War Time.