Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Iwatani Naofumi bị triệu hồi vào thế giới song song cùng với 3 thằng đực rựa khác. Mỗi đứa đều được trang bị 4 thanh Huyền Khí khi được triệu hồi, Naofumi được nhận Huyền Khiên. Tiếc cái ở cái thế giới này lại tôn thờ Tam Đại Thánh Khí (chém đó) bao gồm Thương, Cung, Kiếm và tất nhiên Khiên lại được cho là thứ tà giáo
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng
câu chuyện kể về những biến đổi trong một tương lai không xa, con người đã thiết kế nên những trò chơi đặc biệt bằng những lá bài được gọi là “Battle Spirit” khi người chơi bắt buộc phải chấp nhận đối mặt với nhau, tính phổ biến của trò chơi này lúc đầu khá ít nhưng dần nó đã phát triển mạnh mẽ và đã trở nên phổ biển hơn trong thế giới.
Các nhân vật chính là Chrono Shindo , Shion Kiba , và Tokoha Anjo …,họ tất cả đều có trong tay những lá bài,mỗi lá bài là những loài vật mà họ sử dụng để chiến đấu trong những cuộc thi với nhau và với những người bạn khác.