Truyện kể về cô học sinh Ryuuko Matoi đang trên đường tìm sự thật về cái chết của bố mình. Cô đã chuyển đến học viện Honnouji đang được nắm trùm bởi chị hai Satsuki Kiryuuin của hội học sinh. Trong tay là thanh kiếm kéo - thứ vũ khí đã được dùng để giết bố mình, cùng ngượi trợ thủ bí ẩn là một bộ đồng phục thủy thủ vừa mới gặp, liệu Ryuuko sẽ vượt qua được ải
The Bakumatsu was an era in which the souls of young men burned with anxiety for their countrys future. Takasugi Shinsaku, a soldier of fortune from Choshu, sneaks aboard a government ship with his comrade Katsura Kogorou in search of a mysterious "timepiece" with the power to manipulate time that he fears the government wishes to keep for themselves
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
In the new series, Lupin III will travel to France — the home of his grandfather and namesake, Maurice Leblancs master thief character Arsène Lupin.
Vào năm 1939 ,Chủ nghĩa đế quốc Germania bát ngờ xâm lược các nước láng giềng . Sau đó chiến tranh làn dần và lan rộng ra châu âu.Thâm chí lúc này cả thế giới dường như bị lôi kéo vào vòng xoáy của 1 cuộc chiến tranh thế giới .Đến năm 1940 , Principality của Elystadt một quốc gia nhỏ ở dưới dãy núi Alps cũng bị tấn công, từ đó câu chuyện bắt đầu