Komiya Nonoka, một cô gái đã từng sống tại thị trấn hồ Kiriya, tại đây cô đã gặp một cô gái tóc xanh tên Noel. Bảy năm sau, khi Nonoka quay trở về lần nữa thì thị trấn lúc này đã có một vật hình đĩa lơ lửng trên bầu trời. Và khi gặp lại Noel, Noel nói giờ đến lượt Noel sẽ thực hiện lời hứa thành hiện thực.
Tại nhà trọ Hidamari (Hidamarisou) - nhà trọ nổi tiếng quy tụ những "quái nhân kỳ dị" nằm ở trước trường Yamabuki. Một học sinh ban mỹ thuật trường Yamabuki, Yuno, đã làm quen được những người bạn tốt bụng tại nhà trọ đó. Cuộc sống mỗi ngày của Yuno trở nên sôi động hơn nhờ những người bạn đó, và họ truyền cảm hứng cho Yuno tiếp tục theo đuổi giấc mơ của mình
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
bắt đầu với một cô bé tên Kumiko Oumae, từng chơi trong dàn nhạc giao hưởng trường sơ trung đi tham quan câu lạc bộ giao hưởng với tư cách học sinh năm nhất. Bạn cùng lớp của Kumiko là Hazuki và Sapphire quyết định tham gia vào CLB, nhưng Kumiko lại lưỡng lự khi gặp lại người bạn cũ Reina.
Một phần mới Với những câu chuyện từ manga không được chuyển thể trong anime chính. Featuring stories from the manga not adapted in the main anime.