Hakuo gakuen, học viên tiếng tăm về thể dục thể thao, đang suy tàn vì phải đối đầu với trường Seishikan hèn nhát nhưng lại thu hút những học sinh xuất sắc. Để đối mặt với cuộc khủng khoảng này, trưởng nhóm học sinh Hakuo cầu cứu phe Fuma ninja. Bên Fuma gửi Kojiro đến Hakuo để gặp mặt phe Yasha hiện đang đối đầu với Seishikan do Asuka Musashi cầm đầu
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
SS3 sau giải đấu Queens Blade,Claudette lên ngôi. 4 năm sau, có một chiến binh nổi dậy đứng lên chống lại sự chuyên chế của Nữ hoàngmới. Đó là Annelotte và câu chuyện kể xoay quanh cô
Thiên hạ tuy định, nhưng loạn thế chưa dứt. Thiên hạ đệ nhất kiếm khách, cận vệ của Thủy Hoàng - Cái Nhiếp dắt theo con trai của cố nhân, lẩn tránh sự truy sát của Tần Vương. Lúc này cậu bé Thiên Minh vẫn hoàn toàn không hay biết gì về thân phận thực sự của mình. Bàn tay số mệnh dần dần cuộn mở bức tranh xán lạn. Tại biên cảnh Tần quốc, Tàn Nguyệt cốc, Cái Nhiếp một thân một kiếm tiêu diệt 300 thiết kỵ quân Tần. Doanh Chính phẫn nộ, lệnh cho thừa tướng Lý Tư phải tìm cách diệt trừ tất cả thế
Câu chuyện diễn ra với bối cảnh cận trung cổ, khi các phù thủy đều bị giáo hội săn lùng vào thiêu sống. Gái đẹp thiên tài ma nữ Zero cùng cùng chàng linh đánh thuê người thú hóa lên đường đi tìm lại quyển Book of Zero, vốn do gái đẹp Zero viết ra nhằm khiến thế giới tốt đẹp hơn nhưng lại bị sử dụng sai mục đích ban đầu