Đây là đỉnh điểm cuộc đấu tranh của những dị nhân với loài người. Một bên là cộng đồng dị nhân ác với âm mưu thống trị thế giới, một bên là những dị nhân lương thiện của trường đào tạo do Xavier đứng đầu. Cuộc chiến không khoan nhượng với khẩu hiệu: “Một người vì mọi người” và “Kẻ mạnh sẽ chiến thắng”
Một cuộc chiến mới lại bắt đầu với những người đột biến gien di truyền, cả tốt lẫn xấu khi tổng thống Mỹ bị ám sát tại Nhà Trắng. Magneto trốn thoát. Nhưng giờ, họ phải cùng hợp sức để chống lại một người: tướng William Stryker - người chủ trương tiêu diệt hết những người đột biến trên thế giới và Yuriko - một người đột biến luôn đối đầu với Wolverine.
Phim khoa học giả tưởng với hình ảnh CG rất ấn tượng. Câu chuyện về một vị thần Ai Cập Horus, trước khi bị tước bỏ sự bất tử được trở về thăm lại Trái đất trong vòng 7 ngày. Cũng trong thời gian đó, thành phố New York xuất hiện một cô gái ngoài hành tinh và nhiều chuyện lạ khác... Horus đã tận dụng 7 ngày còn lại của mình để tìm một người thích hợp có thể mang đứa con của thần linh, điều duy nhất có thể giúp ông thoát khỏi sự biến mất vĩnh viễn.
Phim là phần trước của ba phần X-Men đã phát hành, kể về nhân vật siêu anh hùng Wolverine của Marvel Comics và 20 năm dữ dội trong quá khứ của anh. Đặc biệt là thời điểm trước khi anh gặp được nhóm các nhà khoa học dẫn đầu là tiến sĩ Cornelius và được cấy ghép chất siêu bền Adamantium vào tế bào xương người để có được một bộ khung xương cứng cáp kỳ lạ.
Đào thoát khỏi phòng thí nghiệm của tổng hành dinh Umbrella Corp., bỏ lại thành phố Raccoo hoang tàn sau lưng, với phần cơ thể tái tạo sức mạnh mới, Alice (Milla Jovovich thủ vai) cùng những người bạn sót lại ở Raccon City tạm thời nương náu trong vùng hoang mạc Nevada trên còn đường dài đến Alaska, nhằm phơi bày âm mưu cũng như hiểm họa diệt chủng từ T-Virus của Umbrella Corp.