Câu chuyện bắt đầu từ 800 năm trước, Gara là một nhà giả kim học thiên tài đã tạo ra 3 Core Medal vô cùng mạnh mẽ. Nhưng vì tham vọng trở thành Vua nên đã chìm vào giấc ngủ suốt 800 năm đó. Bây giờ bà ta đã thức tỉnh và bắt đầu hủy diệt thới giới này. Vậy Eji, Anks và mọi người sẽ làm gì để cứu thế giới thoát khỏi sự huỷ diệt của Gara. Mời mọi người theo dõi: Kamen Rider OOO Wonderful The Shogun And The 21 Core Medals.
John Blackthorne, một tay thủy thủ phiêu lưu người Anh vào thế kỉ 17, bị đắm tàu ở ven biển Nhật Bản, trở thành một nhân chứng trong cuộc biến động quyền lực của Toranaga, một chúa đất trong vùng, người dự định sẽ trở thành một Shogun, thủ lĩnh độc tài quân sự tối cao của Nhật Bản
Năm 1600, một con tàu buôn Hà Lan đơn độc Erasmus và phi hành đoàn còn sống sót đang đói khát đến Anjiro trên bờ biển Nhật Bản. Con tàu này là một phần của hạm đội Hà Lan gồm 5 tàu và 500 thủy thủ đoàn, tất cả đều đã bị mất tích trên biển , ngoại trừ một số ít tàu Erasmus còn sót lại để đến Nhật Bản.
