câu chuyện về Takt, một nhạc trưởng, đã hợp tác với một Musicart tên Unmei. Cậu mong muốn âm nhạc được quay trở lại thế giới, còn Unmei mong muốn phá hủy D2. Vì thế cả hai đã cùng đồng hành để có thể thực hiện mục tiêu của mỗi người.
Thiên hạ tuy định, nhưng loạn thế chưa dứt. Thiên hạ đệ nhất kiếm khách, cận vệ của Thủy Hoàng - Cái Nhiếp dắt theo con trai của cố nhân, lẩn tránh sự truy sát của Tần Vương. Lúc này cậu bé Thiên Minh vẫn hoàn toàn không hay biết gì về thân phận thực sự của mình. Bàn tay số mệnh dần dần cuộn mở bức tranh xán lạn. Tại biên cảnh Tần quốc, Tàn Nguyệt cốc, Cái Nhiếp một thân một kiếm tiêu diệt 300 thiết kỵ quân Tần. Doanh Chính phẫn nộ, lệnh cho thừa tướng Lý Tư phải tìm cách diệt trừ tất cả thế
Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.
Ren Nanahoshi là một sinh viên đại học cô đơn, không giỏi giao tiếp với người khác. Anh nhớ cảm giác hồi hộp khi xem một ban nhạc sống biểu diễn khi anh còn trẻ, và dành phần lớn thời gian để tìm kiếm bản sắc của chính mình. Một ngày nọ, khi hát karaoke một mình, hai cậu bé tên Yuuto và Wataru phát hiện ra khả năng ca hát của Ren.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.