Tiếp tục sau khi cô nàng Sakura Trees trở lại. Dựa trên một phần tiếp theo của trò chơi PS2 DaCapo gốc, câu chuyện một lần nữa sẽ diễn ra vào Hatsunejima, nhưng được thiết lập 53 năm sau khi các sự kiện của DC và DCSS. Mặc dù một số ký tự có thể sẽ xem xét một chút quen thuộc để mắt khởi xướng, dàn diễn viên là một cái mới.
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu may mắn nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không ngờ đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với cô bạn xinh đẹp Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển sang bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định tiếp tục theo học để được ở lại
Câu chuyện diễn ra trên 1 hòn đảo nhỏ Regalo, tại đây hòn đảo được bảo vệ bởi 1 nhóm người có tên Arcana Famiglia, gồm các thành viên có năng lực siêu nhiên. Vào ngày kia có 1 cô gái 16 tuổi tên là Felicita đến gặp cha cô, là người đứng đầu Arcana Famiglia. Cô được cha cho gia nhập vào nhóm “Serie of Sword”, và cô được gặp gỡ với những thành viên đẹp trai khác
Hayate, một cô bé bị liệt đôi chân đã tình cờ được chọn là chủ nhân của Quyển Sách Bóng Đêm. Nó sẽ dần ăn mòn cơ thể cô bé nếu 666 trang sách không được lấp đầy bởi pháp lực của những pháp sư khác. 4 hộ vệ của cô bé, những chiến binh Belka, vì muốn cứu chủ nhân nên đã giấu cô bé đi thu thập những trang sách.
Majimoji Rurumo là anime hài giả tưởng này xoay quanh một nam sinh siêu dê cụ vô tình tìm thấy những văn tự hướng dẫn cách triệu hồi phù thủy trong thư viện trường. Cậu làm theo thử cho vui, chẳng ngờ bị vướng vào một khế ước với Rurumo. Nhiệm vụ của cô ta là phải dụ cho cậu sử dụng toàn bộ 666 thẻ ước nguyện, và mỗi lần sử dụng tuổi thọ của cậu sẽ giảm đi một chút