Năm 2089, 89 năm kể từ chiến tranh vũ trụ thứ nhất, đã thay đổi cuộc sống của hai chủng tộc con người và Zentradi. Cả hai chủng tộc hiện đang chung sống hòa bình trên Trái Đất thì bỗng nhiên một chủng tộc mới xuất hiện trên hệ Mặt Trời tên là Marduk. Giữa chiến trường của Lực lương không gian Liên Hợp Quốc với hạm đội Marduk, phóng viên tập sự Hibiki đã phát hiện ra Ishtar
Yu-Gi-Oh! là câu chuyện kể về Yugi Muto, một học sinh trường Domino. Tính tình nhút nhát, hiền lành. Cậu là cháu nội của Surodoku Muto. Trước đây, ông cậu vốn là một kiện tướng chơi trò chơi cực kì xuất sắc. Từ nhỏ, ông cậu đã dạy cậu chơi các trò chơi, và ông còn cho cậu một bộ xếp hình. Trong khoảng gần bảy năm, cậu đã tìm tòi và đã lắp ráp được thành Trò chơi ngàn năm(Millennium Puzzle).
Sau khi thoát khỏi nhà tù, hình sự Michiko giải cứu một cô gái bị lạm dụng được gọi là Hatchin. Hai là về như đối diện khi họ đến, nhưng số phận của họ trở nên gắn bó với nhau thông qua các kết nối của một người đàn ông từ cả quá khứ của họ. Trên đường chạy trốn khỏi cảnh sát và cha mẹ nuôi ngược đãi Hatchin của, bộ đôi này không đặt ra để tìm người đàn ông này và cuối cùng phát hiện ra sự tự do của họ
Taichi Nishimura và cô bạn Rin Azuma, cả hai người họ đột nhiên bị dịch chuyển sang một thế giới giả tưởng. Trong thế giới của mình, Taichi chỉ là một cậu học sinh bình thường và có phản xạ khá tốt. Ở thế giới mới này, cả Taichi và Rin đều có năng lực pháp thuật và thể lực ở cấp độ cao. Thế là họ trở thành pháp sư và bắt đầu cuộc sống mới.
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.