Watanuki luông bị những Ayakashi này quấy nhiễu và cậu ta khao khát được thoát khỏi điều này. Vào một ngày nọ, khi đang chạy thoát khỏi một đám Ayakashi, Watanuki vô tình “bước” vào một ngôi nhà kì quặc giữa thành phố hiện đại. Tại đây, Yuuko Ichihara, chủ ngôi nhà này, bảo với Watanuki rằng nơi đó là một cửa hiệu biến ước muốn thành sự thật , và đổi lại là một cái giá cân bằng
Hiệp hội bí ẩn Kisaragi. Hiện tại Hiệp hội Kisaragi được toàn Trái Đất biết tới là công ty lớn nhất, nhưng họ lại tự xưng là một tổ chức tà ác và nhúng tay vào các hoạt động gian tà, đánh bại các Anh hùng rồi chiếm lấy thế giới
Câu chuyện của manga lấy bối cảnh trong một căn biệt thự kiểu Tây phương nằm trên một vách đá và là trung tâm của gia đình nhà Shadow. Họ sống với những người hầu búp bê giống hệt như thật. Câu chuyện tập trung vào cuộc sống hàng ngày của những con người bên trong ngôi nhà Shadow cùng những bí ẩn sẽ được hé lộ.
Câu chuyện xoay quanh "Chronos Rulers", những người chống lại những quỷ ma thời gian xuất hiện khi mọi người muốn họ có thể quay lại thời gian. Chronos Rulers chiến đấu chống lại một cuộc chiến tranh chống lại những con quỷ này.
Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh