Flute là một cô gái sống tại làng nhỏ Staccato vương quốc Sforzando, cho đến khi bức tường của Nữ hoàng Horn bị phá hủy, Flute biết cô là con gái của nữ hoàng . Để bảo vệ thế giới khỏi sự đe dọa của binh đoàn Ma Quỷ, cô phải đi đến Sforzando với người bạn thời thơ ấu bí ẩn của cô, Hamel, người vẫn còn phải tìm hiểu sự thật về di vật mẹ mình để lại.
Asamiya Yuuhi là một sinh viên đại học vô cùng bình thường... cho đến ngày một con thằn lằn xuất hiện và yêu cầu cậu giải cứu thế giới. Điều tiếp theo anh ta được tiết lộ chính là anh đã được trao cho một chiếc nhẫn với sức mạnh đặc biệt, cộng với kẻ thù đang rình rập xung quanh
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.
Bộ truyện sẽ khám phá một vũ trụ thay thế cho bộ chính, và sẽ tập trung vào Kouji Ibuki, một nhân vật phản diện trong Cardfight !! Phim Vanguard: neon Messiah và Suiko Tatsunagi.