Thế giới bị bao trùm bởi một căn bênh dịch chết người ,nó biến người ta trở thành xác chết biết đi. Tại Nhật một số học sinh và cô y tá trường trung học Fujimi cùng nhau vượt qua chiến đấu chống chọi với cơn dịch này.
Fate Stay Night nói về câu chuyện "Cuộc Chiến Dành Chén Thánh" của các "Servant" và chỉ có các "Servant" mới có thể chạm vào Chén Thánh, Các "Servant" là những vị anh hùng trong truyền thuyết và được triệu hồi từ 7 "Master", họ tranh dành vì Chén Thánh, vì Chén Thánh sẽ biến điều ước của họ thành sự thật.
Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Câu chuyện xoay quanh Lloyd, một nhà thám hiểm mới vào nghề với ước mơ khám phá ra sức mạnh thực sự của mình mà cậu từng mơ ước, mặc dù lớn lên cùng những lời châm chọc của hàng xóm luôn coi mình là kẻ yếu kém.