Công chúa thứ Iris của tộc Elf, người được chuyển đến một trường học của con người với tư cách là một đại sứ thiện chí cho sự hợp tác giữa con người và bán nhân. Cô là một học sinh danh dự được người nhiều ngưỡng mộ, nhưng để duy trì giống nói thì cô cũng tham gia vào chương trình Hỗ trợ lai giống.
Vào năm 1604, bốn năm sau trận chiến lịch sử Sekigahara. Người dân đang cố gắng khôi phục lại cuộc sống từ hậu quả của nó và tận hưởng sự thái bình vừa đạt được. Trong bối cảnh đó, Yuya Shiina, một nữ săn tiền thưởng từ việc bắt tội phạm, đã tóm một thầy thuốc lang thang, yêu chuộng hòa bình Mibu Kyoshiro vì tội ăn “quịt”. Đang tìm cáchdẫn Kyoshiro đi báo quan, đột ngột một con quái vật kì dị xuất hiện, đòi giết Kyoshiro. Trong khoảnh khắc cận kề cái chết, mắt của Kyoshiro chuyển sau màu đỏ
Natsume có một bí mật mà cậu giữ kín từ lâu: cậu có khả năng thấy được những hồn ma. Trong một lần tình cờ tìm được Hữu Nhân Sổ (quyển sổ có thể sai khiến yêu quái) do bà cậu để lại, Natsume đã biết được lý do tại sao các yêu quái luôn đuổi theo mình. Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume đã trải qua những tháng ngày đầy rắc rối những mong có thể trả lại hết tên cho các yêu quái để chúng không còn quấy rầy cậu nữa. Nhẹ nhàng và đầy ý nghĩa, từng câu
Series tiểu thuyết lịch sử theo bước chân của Heizō Hasegawa - người mang theo công lý để trừng phạt bọn tội phạm, và thẳng tay trửng trị bọn phá hoại và kẻ cướp trong thời đại Edo của Nhật Bản. Maruyama nói rằng bộ anime sẽ không theo y như cốt truyện nguyên tác trong tiểu thuyết mà còn chèn thêm những yếu tố độc đáo của anime.
Trong xã hội hiện đại có một loại "bệnh tật" mới với những cậu bé và cô gái trẻ nổi bật. Sự cô đơn, sự hoài nghi và xúc phạm thúc đẩy thế hệ này ngày càng đam mê với Internet và công nghệ. Các chuyên gia gọi những triệu chứng này là "Nghiện Internet".