Câu chuyện kể về Sarasa, một cô gái mồ côi vừa tốt nghiệp trường đào tạo giả kim thuật của hoàng gia. Sau khi nhận được một cửa hàng biệt lập như phần thưởng từ giáo viên của mình, cô bắt đầu cuộc sống nhàn nhã mà bản thân đã mơ ước từ lâu với tư cách là một nhà giả kim.
Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
Câu chuyện bắt đầu khi một nữ sinh trẻ, ngây thơ, nhưng busty, đi lấy lại chiếc mũ của mình từ những gì cô nghĩ là một căn nhà bỏ hoang. Nhưng trong ngôi nhà đó, theo dõi cô, là một tên điên cuồng. Nhìn thấy cô, anh trở nên bị ám ảnh bởi việc kiểm soát cô, sở hữu cô, uốn cong cô với mọi ý thích của anh.
Câu chuyện xảy ra vào thời đại mà nhờ các thành tựu từ các thành phố trong khôn gian, 70% nhân loại đều đã sống bên ngoài không gian. Không gian giờ được kiểm soát bởi 2 thế lực lớn "Liên hiệp quan sự khối Dorushia" và "Vành đai hợp chủng quốc Hoa Kỳ đại tây dương" (ARUS). Có một nước trung lập tên Jiouru có nền công nghiệp rất phát triển.
Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst.