Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.
Truyện kể về cô học sinh Ryuuko Matoi đang trên đường tìm sự thật về cái chết của bố mình. Cô đã chuyển đến học viện Honnouji đang được nắm trùm bởi chị hai Satsuki Kiryuuin của hội học sinh. Trong tay là thanh kiếm kéo - thứ vũ khí đã được dùng để giết bố mình, cùng ngượi trợ thủ bí ẩn là một bộ đồng phục thủy thủ vừa mới gặp, liệu Ryuuko sẽ vượt qua được ải
Một ngày nọ, ba cậu học sinh sơ trung – Kazuki Yasaka, Toi Kuji, và Enta Jinai – tình cờ gặp một sinh vật lạ có hình dáng giống kappa, tên của nó là Keppi và nó tự xưng mình là người kế thừa ngôi vị tại vương quốc Kappa.
Ngay trước chiến tranh thế giới thứ 2, Kasumi Kenshiro thuê một giáo sư khá im lăng và hay đãng trí để dạy văn học cho một trường cao đằng nữ sinh nhỏ ở Tokyo. Từng là tông sư đời thứ 62 của Hokuto Shinken " Thần quyền của sao phương Bắc" và có được Yan Wang là danh hiệu"Vua cái chết" và người gìn giữ hòa bình ở "thành phố ác quỷ".
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.