Câu chuyện xảy ra tại tương lai nơi đế chết Garrufa đang cố gắng xâm chiếm trái đất. Và người trái đất đã thiết lập nên 1 tổ chức mang tên GEAR cùng với sức mạnh của siêu vũ khí Dendoh nhằm bảo vệ trái đấu.
Final Fantasy X mở đầu bằng một đoạn in medias res, khi cả nhóm ngồi lặng lẽ xung quanh lửa trại. Đứng phía trên một thành phố cổ tàn tích, bao bọc bởi rất nhiều pyrefly. Tidus, nhân vật chính trong game, bắt đầu kể lại câu chuyện cũng như cuộc hành trình đến nơi đây của mình.
Những hang động khổng lồ, được gọi là Thung lũng, là nơi duy nhất chưa được khám phá trên thế giới. Không ai biết khi đi sâu xuống qua các hố khổng lồ nơi có những sinh vật kỳ lạ và kỳ diệu và đầy những di tích cổ kính bí ẩn mà người ta không biết đến ở thời hiện đại này.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Ngôi làng của Shu bị tấn công bởi những tên địch, cậu ta và bạn mình, Jiro và Kluke quyết định bảo vệ quê nhà. Họ sớm gặp chiến binh Zola và nhận được năng lượng của Shadow, khả năng biến những bóng của họ thành những quái vật siêu phàm. Shu nhận được quái vật có sức mạnh ghê gớm nhất, Blue Dragon, và họ cùng nhau chiến đấu chống lại kẻ thù.