Mọi việc khởi đầu vào năm 1753 khi chiếc quan tài chứa xác của Lia de Beaumont trôi dạt trên sông Seine vào bờ tại Paris. Quá đau buồn, D’Éon de Beaumont cố tìm kiếm nguyên nhân cái chết của chị gái mình. Để tìm ra sự thật và giúp linh hồn Lia yên nghỉ, D’Éon tiếp tục con đường của chị mình mà không biết có quá nhiều bí mật đằng sau cái chết của Lia. Rồi D’Éon sẽ tìm thấy những bí mật gì đây?
Sau chiến tranh, những Extend tồn tại rất nhiều khắp đường phố, họ là những người đã bị biến đổi để trở thành một món vũ khí nguy hiểm. Inui Juuzou cũng là một Extend như thế. Anh không còn chút ký ức gì về cuộc sống trong quá khứ của mình, cũng không nhớ ai đã thay cái đầu của mình thành một khẩu súng khổng lồ.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.
Hack não theo cã nghĩa đen lẫn nghĩa bóng. In the not so distant future, mankind has advanced to a state where complete body transplants from flesh to machine is possible. This allows for great increases in both physical and cybernetic prowess and blurring the lines between the two worlds. However, criminals can also make full use of such technology, leading to new and sometimes, very dangerous crimes. In response to such innovative new methods, the Japanese Government has established Section 9, an independently operating police unit which deals with such highly sensitive crimes.
Scorpion tên thật là Hanzo Hashashi, người vừa lãnh đạo bộ lạc Shirai Ryu trở nên bất khả chiến bại và làm tất cả đối thủ khiếp sợ. Sức mạnh của Hanzo vừa khiến anh bị nhiều kẻ thù dòm ngó. Bọn chúng thậm chí còn đặt cho anh biệt hiệu Scorpion (Bò cạp).