Love Momozono là một học sinh năm nhất 14 tuổi tại trường trung học Yotsuba, một người quan tâm người khác hơn cả bản thân mình. Một ngày, cô đến tham dự một chương trình do công ty nhảy Trinity nổi tiếng tổ chức và quyết định trở thành một vũ công. Câu chuyện bắt đầu từ đây.
Haidang và Xia Fan, vốn là con người, có được năng lượng ma thuật mà họ mơ ước vì một cơ hội tình cờ. Được sự đồng ý của nàng tiên ma thuật Chia, anh trở thành một nàng tiên ma thuật nhỏ và cùng với Shiya bảo vệ thế giới loài người và đại dương ma thuật.
Do sự xâm lược của Disas-Những sinh vật đến từ vùng đất của cái chết, loài người đang trên bờ vực của sự diệt vong, được cứu bởi những cô gái mang sức mạnh ma thuật trong người. Ba năm sau, sự cố mới đột ngột xảy ra, cuộc sống đời thường của những cô gái trước kia nay đã biến mất
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Karin Hanazono là một cô bé bình thường, không giỏi thể thao, lại luôn bị điểm kém, cô bé sống cùng người dì sau khi cha mẹ mất...Cho đến một ngày, Shii-chan - vật cưng và cũng là người bạn thân duy nhất, chỗ dựa tinh thần của Karin qua đời, cuộc sống của cô bắt đầu thay đổi.Một kẻ đáng ghét tên là Kazune xuất hiện khi cô đang đau buồn vì chuyện của Shii-chan, và rồi.