được đặt trong một thế giới song song, diễn ra sau các sự kiện của trò chơi đầu tiên, và phát triển câu chuyện theo sự kiện của ba nhân vật chính - Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, và Yuuma Nosaka.
Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Một thời đại mà vô số các tập đoàn đã xâm nhập vào không gian và xây dựng một hệ thống kinh tế khổng lồ. Một cô gái đơn độc từ hành tinh xa xôi Mercury chuyển đến Trường Công nghệ Asticassia, được điều hành bởi Tập đoàn Beneritt, công ty thống trị ngành công nghiệp đồ di động.
Okajima Rokuro - now known almost exclusively as Rock - was once a typical, put-upon Japanese businessman. Then, on a routine business trip, he was kidnapped and ransomed by the Lagoon Company: a band of mercenary pirates operating out of the crime-riddled city of Roanapur. Abandoned by his bosses, he joined the Lagoon Company. Now he must try and stay afloat amongst the ever-shifting politics of the criminal underworld, while simultaneously avoiding death at the hands of his quick-tempered, gun-toting co-worker, Two Hand Revy.
Câu chuyện kể về thành phố Ayanagi, một thành phố gần biển Nhật Bản. Nó là một thành phố của tương lai đã được xây dựng để phục hồi từ thảm họa gây ra bởi "hội chứng thờ ơ" mười năm trước. Học sinh trung học Shin Kanzato cùng với em trai của cậu là Jun, theo lời anh trai Ryo , cảnh sát trưởng thành phố Ayanagi, đã đến Ayanagi . Tại thời điểm đó, một loạt các sự cố kỳ lạ xảy ra tại thành phố Ayanagi như thủy thủ đoàn của một chiếc tàu ngầm đột nhiên biến mất trong tàu ngầm của họ, hoặc một triệu