Mười năm sau khi Inazuma Nhật Bản đoạt chức vô địch Football Frontier thế giới, danh tiếng bóng đá Nhật đã gia tăng đáng kể. Ngôi trường Raimon ngày nào giờ đã nổi tiếng về đào tạo bóng đá. Đây là câu chuyện về những người hùng mới của Raimon, họ phải đối mặt với những biến cố mới trong giới bóng đá.
Tiếp tục phần một cuộc hành trình quay về cứu nguy cho quê nhà của nhân vật chính nhưng giữa đường gặp số đào hoa anh main lại cứu thêm 1 bé nữa vậy là giông tố bắc đầu nổi lên lần nữa.
Câu chuyện xoay quanh Yukiya, "có lẽ 14 tuổi". Cậu ta đã dành hầu hết thời gian của mình để chơi DJ. Do ảnh hưởng từ cha nên cậu đã nghe nhạc từ khi còn nhỏ và thường đăng tải những video lên mạng trực tuyến. Cậu luôn muốn truyền đạt "một thứ gì đó" cho "ai đó".
diễn ra ngày 22 tháng 11 năm 2010 mười tên lửa tấn công Nhật Bản. Tuy nhiên, hành động khủng bố này chưa từng có, sau này được biết đến như là “Careless thứ hai,” không dẫn đến bất kỳ nạn nhân rõ ràng, và mau chóng bị lãng quên bởi hầu như tất cả mọi người.
Truyện kể về cô học sinh Ryuuko Matoi đang trên đường tìm sự thật về cái chết của bố mình. Cô đã chuyển đến học viện Honnouji đang được nắm trùm bởi chị hai Satsuki Kiryuuin của hội học sinh. Trong tay là thanh kiếm kéo - thứ vũ khí đã được dùng để giết bố mình, cùng ngượi trợ thủ bí ẩn là một bộ đồng phục thủy thủ vừa mới gặp, liệu Ryuuko sẽ vượt qua được ải