Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa, cậu đã vượt thời gian quay trở về thời còn học sơ trung.
Câu chuyện của tiểu thuyết tập trung vào Koguma, một nữ sinh trung học ở Yamanashi. Cô không có cha mẹ, bạn bè hoặc sở thích. Cuộc sống hàng ngày của cô khá trống rỗng. Một ngày nọ, Koguma có được một chiếc xe máy Honda Super Cub đã qua sử dụng.
This series features an original story, which depicts the young geniuses Mei Kamino, a female researcher, and Yun Arikawa, a male engineer, as they take on an unprecedented threat with their companions. When danger comes up from the depths, only young geniuses Mei, Yun, and their team can face the threat in Godzilla Singular Point!
Câu chuyện diễn ra trong thế giới mà cả khoa học và phép thuật đều rất phát triển, và thành phố Arkham là thủ đô phát triển mạnh về phép thuật. Tuy nhiên nó đang bị đe dọa bởi một tổ chức tội phạm được gọi là Black Lodge. Master Therion - tên phù thủy mạnh nhất là trùm của tổ chức Black lodge. Hắn ta không từ bất cứ thủ đoạn nào để đạt được mục đích của mình.
SAkura đến thủ đô với khát vọng bảo vệ thủ đô khỏi thế lực ma quỷ của Hội đồng chánh điện hắc ám giống như cha cô. Tuy nhiên mọi thứ không như là mơ, cô phải sử dụng sức mạnh tinh thần của mình để điều khiển Kubo và phải diễn kịch trong nhà hát quốc gia. Là một người hậu đậu và phá hoại, làm cô ấy trong mắt mọi người trở nên tồi tệ. Cô ấy phải học cách làm việc nhóm chung với họ để ngăn cản kẻ thù phá hủy những ngôi đền để bảo vệ thành phố.