Hiiragi Kyouichirou đi từ thị trấn tỉnh đến Tokyo để theo học đại học. Anh mang theo thanh kiếm của gia đình để bảo vệ bản thân. Khi cậu đến Tokyo, cậu bị cuốn vào âm mưu của quân đội Hoàng gia.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Một học sinh năm nhất Zhou Xiaoan đã deo một chiếc nhẫn không rõ nguồn gốc, một con quỷ đáng sợ nhảy ra từ miệng cậu ta và cuộc sống của cậu ta đã thay đổi hoàn toàn. Cú sốc về một bí mật lịch sử đang dần hiện ra
Người mẫu nam Hazama Masayoshi có ước mơ trở thành một siêu anh hùng, mặc dù cậu không có siêu năng lực, cũng không có công cụ công nghệ cao hỗ trợ. Cậu lấy tên Samurai Flamenco và bắt đầu hành nghề trừ gian diệt ác, làm việc tốt bảo vệ công lí, nhân danh Sứ giả của Chính nghĩa. Masayoshi và anh cảnh sát Gotou Hidenori tình cờ gặp nhau trong một tình huống tréo ngoe, để rồi từ đó anh cảnh sát bị vướng vào vô số rắc rối. Hai con người trẻ tuổi phải đối diện với những thử thách gay do khi đi tìm
Câu chuyện được đặt trong một thế giới mà “Appmon” (rút ngắn cho “Appli Monsters”), sinh vật thông minh nhân tạo được sinh ra trong các ứng dụng di động. Nhân vật chính là Haru Shinkai người được một Appli ổ của riêng mình và mở ra khả năng của mình để mang lại Appmon với cuộc sống nơi ông gặp đối tác của mình Gatchmon.