Ở thành phố thịnh vượng Russell, một lời tiên tri đe dọa sẽ làm khuấy động thế giới bắt đầu được nổi dậy. Một người đàn ông tên Sword là người đầu tiên nghe được kế hoạch náo động này và anh đã tự dấn thân mình vào cuộc chiến trong bóng tối với mục đích vạch mặt kế hoạch đó.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
Một kẻ thù bí ẩn từ không gian gọi là "Dark Spinner" xuất hiện và chúng theo sau Năng lượng Trái đất, được tạo ra bởi các vòng quay của trái đất. Những người đứng lên ngăn chặn họ là hai anh em sinh đôi, Raiga và Kuga, cùng với đội bảo vệ trái đất Earth Granner. Nhưng liệu họ có thể bảo vệ trái đất?
1 cậu bé nhút nhát nhưng có khả năng ném chính xác từng cm. Đó là những yếu tố của 1 pitcher thiên tài. Điều mà cậu ấy thiếu chính là sự tự tin. Và dưới cái nóng mùa hè của đời học sinh cấp 3, cậu sẽ cùng bạn bè tìm đường đến Koshien. 1 Cross Game bỏ đi hết mấy cái lãng mạn ngoài lề bằng Ookiku Furikabutte.