Theo dõi các cuộc phiêu lưu và khai thác của SAM, một droid tình bạn cao cấp, thuộc tầng lớp hoàng gia, người đã tham gia cùng với một robot bảo trì kỳ quặc, bị vứt bỏ và một kẻ chạy trốn, chết người.
Câu chuyện lấy bối cảnh tại một thế giới khác nơi có quái vật và quỷ. Nhân vật chính là Lloyd sở hữu lượng ma lực khổng lồ mà bất cứ ai cũng phải nể sợ
Tiến sĩ Địa ngục và thú cơ khí của ông đã trở lại, và chúng nguy hiểm hơn bao giờ hết. Kouji Kabuto và Tetsuya Tsurugi chiến đấu chống lại những máy móc quỷ dữ này dưới sự chỉ huy của Baron Ashura. Thật không may, họ bị đánh bại, Mazinger Z của Kouji bị bắt và Great Mazinger của Tetsuya bị thương nặng bởi kẻ thù
Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.