Imawano Kiyoshi cùng gia đình mình chuyển tới nhà mới. Bề ngoài, đây là một ngôi nhà rất đỗi bình thường, nhưng thực chất lại là một ngôi nhà bị ám, điểm tập kết của rất nhiều ma quỷ và sinh vật siêu nhiên.
Ishikawa Tsubame từng bị rớt đại học, trong tâm trạng tuyệt vọng cô đã nghe lời dụ khị của cậu bạn học chung lớp luyện thi và quyết định đăng ký thi vào trường Đại học Hàng Hải Kantou. Cô bắt đầu lao vào học hành và đã đậu vào ngành Hải Dương học nhưng rồi cô nhanh chóng hối hận và nhận ra đây không phải là ngành nghề mà mình mong muốn.
13 thí sinh với tài năng đặc biệt hoặc kĩ năng nào đó sẽ thi đấu cùng nhau trong các trò chơi, ở mỗi tập sẽ loại ra một người. Các người chơi thu thập ngọc lựu được sử dụng để hỗ trợ cho trò chơi dễ dàng hơn. Mỗi ngọc lựu trị giá 1000 won và tổng số ngọc lựu thu được sau cùng sẽ được chuyển thành tiền thưởng cho người chiến thắng
Miyuki và Kindaichi được mời lên chuyến du lịch tàu "Royal Wing" sang trọng. Ngay khi vụ sát nhân đầu tiên nổ ra dưới danh nghĩa trả thù cho vị thuyền trưởng của "Con tàu ma", Kindaichi nhận thấy đây là một chuỗi các hành động có chủ đích của kẻ thủ ác, và tội ác sẽ còn tiếp diễn
Trường trung học Amanogawa là nơi xảy ra nhiều chuyện kỳ lạ. Cho đến khi nhận một học sinh mới chuyển đến "Kisaragi Gentarou" thì mọi chuyện dần được sáng tỏ. Gentarou là người luôn hết mình vì bạn bè, mong muốn của cậu là có thể kết bạn với tất cả mọi người, đầu tiên là gặp lại người bạn hồi tiểu học Yuki Jojima sau đó là Kengo Utahoshi con của nhà nghiên cứu