Vào năm 2045, sau một thảm họa kinh tế được gọi là Mặc định toàn cầu được đồng bộ hóa, sự phát triển nhanh chóng trong AI đã thúc đẩy thế giới bước vào trạng thái của Cuộc chiến bền vững. Tuy nhiên, công chúng không nhận thức được mối đe dọa mà AI có đối với loài người.
Fate Stay Night nói về câu chuyện "Cuộc Chiến Dành Chén Thánh" của các "Servant" và chỉ có các "Servant" mới có thể chạm vào Chén Thánh, Các "Servant" là những vị anh hùng trong truyền thuyết và được triệu hồi từ 7 "Master", họ tranh dành vì Chén Thánh, vì Chén Thánh sẽ biến điều ước của họ thành sự thật.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.
Bối cảnh xảy ra ở một vương quốc có tên là Cao Hoa. Yona - nàng công chúa độc nhất của vương quốc, có một cuộc sống gần như hoàn hảo mọi bề với lụa là gấm vóc, cao lương mỹ vị và một người cha rất mực cưng chiều nàng