Tiến sĩ Saotome trở về từ cõi chết sau khi bị giết bởi phi công Gare Nagare Ryoma và đe dọa thế giới với sự sáng tạo tối thượng của ông: Shin Dragon. Ryoma miễn cưỡng hợp tác với cựu đồng nghiệp của mình là Jin Hayato và Tomoe Mushashi để chống lại Dr. Saotome.
Một thuật ngữ cho những người có nhiệm vụ là để bảo vệ thế giới khỏi sự sắp xảy ra trong bóng tối. Renji Hiiragi là một ví dụ Night Wizard, người được gọi là liên tục trên các nhiệm vụ, mặc dù tất cả anh muốn là để có thể đi học và sau đại học.Tuy nhiên, lệnh gần nhất của ông là để bảo vệ Elis Shiho, là một học sinh mới chuyển vào học viện của mình.
Câu chuyện đặt bối cảnh tại Onomichi, Hiroshima năm 20XX, khi mà cá voi là loài cá duy nhất còn sống trên biển. Vì thế, bộ Thủy sản quyết đinh xây những bể cá khổng lồ trong không gian. Liên minh thủy sản vũ trụ Onomichi được thành lập để đào tạo ngư dân không gian.
Hizutome Rakurou rất thích thể loại game rác. Thử thách tiếp theo của cậu là game thánh - Shangri-la Frontier với tổng số người chơi lên tới 30 triệu người. Tập hợp đồng đội trong một thế giới rộng lớn và gặp những kẻ thù cũ trên đường đi, cậu sẽ thay đổi số phận của mọi người chơi.
Ở Akihabara, khu vực mua sắm bị xâm chiếm bởi những sinh vật gọi là "Synthisters", chúng săn những người bảo vệ Akihabara để ăn năng lượng và sống sót. Kẻ thù "Synthisters" sẽ bị đánh bại khi tiếp xúc với ánh nắng mặt trời, vậy nên phải lột quần áo chúng.