Một nhóm học sinh đang trải qua chuỗi ngày yên bình tại thị trấn nhỏ kia. Nhưng bỗng nhiên mọi thứ ập tới trong chính mùa hè ấy. Sự xuất hiện của người học sinh chuyển trường sẽ khiến hành động, cảm xúc của từng thành viên thay đổi khác lạ. Tình cảm thoáng qua, cảm xúc chôn giấu, hay trái tim rung động, tất cả đều sẽ được bộc lộ trong mùa hè đó.
Nhân dịp nghỉ hè, Nagasumi cùng gia đình về vùng biển Setouchi thăm bà nội. Trong lúc bơi, do trình bơi lội quá là cùi bắp, nên cậu ta đã bị chết đuối, may mà được một cô bé người cá cứu sống. Sau khi kể lại câu chuyện trên cho ba mẹ (Và bị họ một mực cho là nói phét), một cô gái tên San bỗng xuất hiện, và cầu xin Nagasumi hãy cưới mình.
Sau khi mẹ mất, cha có việc phải đi làm việc xa, Futami Nozomu trở về thị trấn mà cậu đã lớn lên. Vừa học vừa làm việc ở 1 ngôi đền. Ở đây có 1 truyền thuyết 2 chị em song sinh cùng yêu 1 người đàn ông. Cũng vì truyền thuyết đó mà hiện giờ thị trấn lại có nhiều cặp song sinh nữa
Bộ phim Nogizaka Haruka no Himitsu xoay quanh đôi bạn Yuuto Ayase và Haruka Nogizaka Yuuto là một chàng trai bình thường, đặc biệt không thích con gái vì bị sensei và chị của mình hành hạ. Còn Haruka là một cô gái xinh đẹp, thông minh và giàu có. Điều đó khiến cho các học sinh khác thần tượng hoá cô ta. Thậm chí họ còn đặt cho cô ta những cái tên tiếng Pháp như là “Nuit Étoile” (Ánh sao bạc trong đêm) và “Lumiere du Clavier” (Nàng công chúa toả sáng bên dương cầm). Câu chuyện bắt đầu khi Yuuto
Trong những ngày đầu của thế kỉ 21, một cuộc chiến tranh công nghệ đã xảy ra. Trái đất gần như bị phá hủy, và con người phải tới sống tại một hành tinh khác là Calendar 00.