Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
"Không ai biết câu chuyện về cô gái mà mọi người đều biết." Numazu là một thị trấn cảng tuyệt đẹp được bao quanh bởi núi và biển. Yohane, một cô gái đã phải vật lộn để hòa nhập với môi trường xung quanh từ khi còn nhỏ, dành cả ngày để trốn tránh mọi người trong thành phố.
Sau một thời gian lâu dài, cuộc chiến của con người và Gauna - sinh vật ngoài hành tinh, tưởng như đã đến hồi kết. Nhưng giờ đây nó đã trở lại, cuộc chiến lại tiếp tục bắt đầu.
Câu chuyện của Stardust Crusaders bắt đầu tại nhà tù, nơi mà nhân vật chính là Kujo Jotaro (17 tuổi) - một tên đầu gấu chính hiệu - đang tự giam lỏng mình để khống chế một thế lực siêu nhiên mới vừa được thức tỉnh trong cậu - Stand. Để cứu lấy người mẹ đang dần bị đẩy tới bờ vực của cái chết, Jotaro phải thuần phục thứ sức mạnh không tưởng ấy và cùng với các chiến hữu lên đường tiêu diệt tận gốc tên ma ca rồng vừa trỗi dậy từ dưới đáy đại dương, cùng lòng căm thù dòng họ Jojo tới tận xương tận
nói về Gabimaru, từng được tôn vinh là ninja mạnh nhất, nhưng hiện tại đã bỏ nghề, vì phạm luật của làng mình. Sau khi bị bắt, anh tuyên bố rằng mình không còn gì để sống.