Khi Nhật Bản đang trong cơn tuyệt vọng, 13 "Ác quỷ sống sót" đã hủy bỏ giao kèo với Quỷ để có được khả năng chiến đấu chống lại những kẻ xâm lược vô danh. Chỉ với 7 ngày còn lại để cứu lấy thế giới trước thảm họa toàn cầu, bạn phải đưa ra một quyết định rất quan trọng để sống sót.
Câu chuyện nói về năm cô gái chiến đấu với một nhiệm vụ đặc biệt trong máy bay của sự tồn tại ở phía bên kia của màn hình. Các thiết lập của câu chuyện là khu vực đô thị của thủ đô Nhật Bản.
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu